MANU Putra termasuk salah satu dari satuan-satuan pendidikan yang berada di bawah naungan Yayasan Lembaga Pendidikan Islam (YLPI) Buntet Pesantren yang mengalami pergantian kepala madrasah. KH. Ade Moh. Nasih dinyatakan purna tugas sebagai Kepala Madrasah yang menjabat sejak 2012-2024, kemudian digantikan oleh Bapak R. Mh. Zidni Ilman NZ. untuk periode 2024-2029.
Selain MANU Putra, satuan pendidikan yang lain seperti STIT Buntet Pesantren, MANU Putri, MTs NU Putra 2, MTs NU Putri 3, dan beberapa lembaga seperti Pusat Kegiatan Belajar Masyarakat (PKBM) serta Balai Latihan Kerja (BLK) juga mengalami pergantian kepala madrasah dan ketua lembaga.
YLPI menyelenggarakan pelantikan dan serah terima jabatan serentak untuk unir-unit tersebut pada Kamis, 4 Januari 2024, di GOR Mbah Muqoyyim. KH. Salman Alfarisi selaku Ketua Umum YLPI melantik Kepala Madrasah dan Ketua Lembaga tersebut disaksikan oleh hadirin, di antaranya yakni sesepuh, dewan sepuh, dewan guru, dosen, dan pegawai yang berada di bawah naungan YLPI.
Acara pelantikan dan serah terima jabatan ini hanya berjarak dua hari dengan hari pertama dimulainya kegiatan belajar mengajar pasca liburan semester. Dengan demikian, KBM di semester genap pada tahun ajaran 2023-2024 secara resmi dipimpin oleh Kepala Madrasah yang baru, yakni R. Mh. Zidni Ilman NZ.
Adapun daftar lengkap nama-nama kepala yang dilantik adalah sebagai berikut:
Sementara itu, kepala-kepala madrasah yang diayatakan purna tugas adalah sebagai berikut: